In mei 2001 is de spoorverdubbeling tussen Den Haag Mariahoeve en Leiden sinds vijf jaar in gebruik. Als onderdeel van een groot pakket maatregelen om de Oude Lijn Amsterdam-Den Haag-Rotterdam grotendeels viersporig te maken, is het traject Leiden-Den Haag als eerste aangepakt. Overwegen verdwijnen, het aantal sporen gaat van twee naar vier en de laaggelegen Vinkbrug bij Leiden maakt plaats voor twee hoger gelegen exemplaren. Dat betekent minder brugopeningen en dus minder verstoringen van het trein- door het scheepvaartverkeer.
In 1994 komen de eerste twee vernieuwde sporen in dienst, waarna de bestaande sporen buiten dienst gaan en opnieuw aangelegd worden. Vanaf begin juni 1996 heeft het treinverkeer tussen Leiden en Den Haag vier sporen ter beschikking.
In die tijd is de hogesnelheidslijn HSL-Zuid nog in aanbouw, dus de Thalys-hogesnelheidstreinen van Amsterdam naar Parijs nemen de route via Den Haag. Om enige tijdwinst te kunnen boeken, maakt NS de middelste sporen van het baanvak Mariahoeve-Leiden vanaf 1998 geschikt voor 160 km/h – op de andere sporen blijft 140 km/h de limiet. Op de haltes Voorschoten en De Vink krijgen de perrons die langs deze sporen liggen, waarschuwingsstrepen om wachtende reizigers attent te maken op de hogere snelheid van sommige treinen.
Even verderop is een ander beeld te zien. Langs de nog grotendeels enkelsporige lijn Leiden-Bodegraven-Utrecht ligt het dan al behoorlijk in onbruik geraakte en verstilde emplacement Leiden Goederen. Drie Plan V-treinstellen van NS, waarvan de twee buitenste uit de eerste serie uit 1966 (433 + 468 + 436), rijden langs de plaats waar nu langs het spoor de Blauwe Tramstraat ligt. Leiden Goederen, “Ld” in NS-jargon, bestaat niet meer: enkel de twee doorgaande sporen van Leiden Centraal richting Leiden Lammenschans zijn er nog.
Even voorbij Leiden Goederen wordt het tracé richting Alphen aan den Rijn, Bodegraven, Woerden en Utrecht enkelsporig. De spoorlijnen Alphen aan den Rijn-Gouda, Dordrecht-Gorinchem-Geldermalsen, Utrecht-Soest-Baarn en Leiden-Utrecht zijn de laatste grotendeels enkelsporige baanvakken in de Randstad. Treinen kunnen enkel op tussengelegen stations elkaar passeren en in geval van vertragingen leidt dat snel tot ‘olievlekwerking’.
Ook de halte Leiden Lammenschans heeft maar ̩̩n spoor. Wederom drie Plan V-treinstellen Рhet vaste materieel voor deze lijn in die tijd Рstoppen er, op weg van Leiden naar Utrecht.